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UCSanDiegoX: Graph Algorithms in Genome Sequencing

Learn how graphs are used to assemble millions of pieces of DNA into a contiguous genome and use these genomes to construct a Tree of Life.

Graph Algorithms in Genome Sequencing
3 semanas
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Graph Algorithms in Genome Sequencing

Sobre este curso

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In this course, part of the Algorithms and Data Structures MicroMasters program, you will learn how graph algorithms are used in two fundamental problems in modern biology:

  • How do we sequence a genome?
  • How do we construct an evolutionary “Tree of Life?"

In the first part of the course, you will learn how genome sequencing relies on using a graph to assemble millions of tiny DNA fragments into a contiguous genome. We will then shift gears and learn how to construct an evolutionary tree of life from genome data.

De un vistazo

  • Institution UCSanDiegoX
  • Subject Informática
  • Level Intermediate
  • Prerequisites

    Basic knowledge of:

    • at least one programming language: loops, arrays, stacks, recursion.
    • mathematics: proof by induction, proof by contradiction.
  • Language English
  • Video Transcript English
  • Associated programs
  • Associated skillsBiology, Whole Genome Sequencing, Algorithms, Data Structures, Graph Algorithms

Lo que aprenderás

Omitir Lo que aprenderás
  • Graph algorithms
  • Algorithms for genome assembly
  • Phylogenetics

Plan de estudios

Omitir Plan de estudios

Week 1: Introduction to Genome Sequencing and Graphs
Introduction to the basics of genome sequencing, and first attempts to model this problem using graphs.

Weeks 2 and 3: Assembling Genomes from Tiny Fragments
Applying an Eulerian path approach to assemble a genome from small pieces of DNA, and adapting this theoretical solution to practical considerations.

Testimonios de los estudiantes

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“This course has the most enthusiastic, offbeat and committed instructors I've ever met. The duo takes the learners on amazing trip into the fascinating world of bioinformatics, using examples and analogies from everyday life and popculture as a background. Good work, guys!”
-- Previous Student

¿Quién puede hacer este curso?

Lamentablemente, las personas residentes en uno o más de los siguientes países o regiones no podrán registrarse para este curso: Irán, Cuba y la región de Crimea en Ucrania. Si bien edX consiguió licencias de la Oficina de Control de Activos Extranjeros de los EE. UU. (U.S. Office of Foreign Assets Control, OFAC) para ofrecer nuestros cursos a personas en estos países y regiones, las licencias que hemos recibido no son lo suficientemente amplias como para permitirnos dictar este curso en todas las ubicaciones. edX lamenta profundamente que las sanciones estadounidenses impidan que ofrezcamos todos nuestros cursos a cualquier persona, sin importar dónde viva.

Este curso es parte del programa Algorithms and Data Structures MicroMasters

Más información 
Instrucción por expertos
8 cursos de nivel universitario
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9 meses
8 - 10 horas semanales

Formas de realizar este curso

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Costo

150 US$

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Acceso a los materiales del curso

Ilimitado

Limitado

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